但单位扣留了毕业证，这样合法吗？

单位扣留毕业证不合法。依据《劳动法》等规定，单位无权扣留个人证件。若不及时处理，可能影响个人职业发展及权益，如无法办理入职、职称评定等。
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单位扣毕业证可举报或仲裁。建议先与单位沟通协商，无果后再向劳动局举报或申请仲裁，根据具体情况选择合适方式。
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单位扣毕业证不合法。处理方式：1.与单位沟通，要求归还；2.若沟通无果，向劳动局举报单位违法行为；3.或直接申请劳动仲裁，维护自身权益；4.如需起诉，需先经过仲裁程序。